シッポウシティへ向け旅を続けるサトシたちは、その道中、岩を削り家を作っている"いしやどポケモン"イシズマイに出会った。珍しい光景を眺めていると、そこに新たに３匹のイシズマイが現れた！そのうちの１匹はひときわ大きな岩を背負っていて、まるで３匹のボスのよう。そのボスが見据えるのは、イシズマイが懸命に作った岩の家！そして次の瞬間、３匹は一斉にイシズマイへと襲いかかり、岩の家を奪い去ってしまった！
その卑怯なやり方を見ていたサトシたちは、イシズマイに家の奪還に協力させてほしいと申し出る。最初は警戒していたイシズマイだが、徐々にサトシたちに心を開き、いよいよ作戦スタート！一体どうなる！？
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ポケットモンスター ベストウイッシュ
