近未来の日本、立国高校に通う【才賀淳貴】の携帯電話に、失踪した父・巧の遺体発見の連絡が入る。淳貴は、母(林檎)、妹(倉夏)と共に発見現場である「黒神山遺跡」へと向かう。
遺跡の中で意識を失った淳貴は黄金に輝く巨人の夢を見る。目を覚ました淳貴の手に残された腕輪には神代文字が刻まれていた。【おおいなるもの、ライディーン】と。腕輪に呼応するかのように、突如現れる巨獣機【バゲルス】。 決壊したダムの濁流に飲み込まれた淳貴を光が包むのだった・・・。同じ頃、黒神山から黄金の巨人が現れる・・・。
ライディーン