1999年第1の月、地中海で原子力潜水艦が爆発事故を起こす。その事故こそ、有名な予言者であるミッシェル・ド・ノストラダムスの残した預言書の第2章第3節にある「海を照らす太陽に似た灼熱のせいで、ネグロポントの魚が灰焼きにされよう」という予言が的中した証拠であると新興集団であるノストラダムス教団の指導者ライズリーは観衆に説く。さらにライズリーは、「世界の滅亡は近く、その大災難から逃れるには、この手にある“失われた予言書”に従うしかない!」と説く。
一方、ブラジルのリオデジャネイロでは、サンバカーニバルが開催されていた。そのどさくさに紛れ、150万$のダイヤを手に入れたルパン三世は、銭形警部とのオニゴッコから逃れた旅客機の中で、ナマイキな少女ジュリアにダイヤを隠した人形を奪われてしまう。さらにジュリアの教育係として同乗していた不二子にも返り討ちにされる始末。
しかし、この機にもノストラダムスの予言は降りかかる。その予言とは、予言書の第7章62節にある「11人の勇者の載った大鷲が姿を消す」というもの。その旅客機にはサッカーのブラジル代表チームが同乗しており、機はハイジャックされてしまう。一路、旅客機はハイジャックグループの指示でモロッコへと向かう。
ルパン三世
