宝石泥棒に憑依したイマジンを追って、過去の世界に向かった良太郎たち。 しかし、それはデンライナーを奪うために仕組まれた罠だった。 首謀者は、時の列車ばかりを狙う強盗集団の首領・牙王。 彼は“神の路線”を走り、すべての時間を支配できるという神の列車を手に入れるため、オーナーたちを人質にデンライナーを過去へと走らせていく。 残されたのは良太郎、ハナ、モモタロス。
しかも良太郎は今まで電王として戦っていた記憶を失くし、モモタロスは憑依できなくなっていた。 さらに10歳の良太郎（モモタロスが小太郎と命名）とも遭遇。 時間を超える列車に乗ってみたいと、彼らに同行を申し出る。 一行は桜井侑斗の助けを借り、ゼロライナーでその後を追った。 さまざまな時代を通り抜け、良太郎たちがデンライナーを発見したのは江戸時代。
そこで牙王は真田幸村を味方に付け、神の路線へとつながる最後の封印を解こうとしていた。 デンライナーから何とか脱出したオーナーたちと合流することに成功する良太郎たちだったが、牙王によってついに神の列車の封印は解かれてしまった！ その列車が目指すのは1988年の12月26日。 いったいその日には何があるのか？
牙王は仮面ライダーガオウに変身、一行の邪魔を許さない！ 必死で後を追う良太郎たちに果たして勝算はあるのか？ 小太郎はどんな活躍を見せるのか？ 物語はクライマックスに向け、ノンストップで走り抜ける!!
仮面ライダー電王
