とある超能力研究施設をアンノウンの群体が突如襲撃、二人の少年と少女－紗綾香とレイ－だけを残し、研究所は壊滅してしまう。紗綾香とレイはストリートチルドレンとなり懸命に生きていた。 ある時、陸自一等陸尉・深海理沙に能力を探知された紗綾香が拉致同然に連れ去られてしまう。深海は警視庁・ SAULの小沢澄子が装着者を100％死に至らしめる危険性から封印していた禁断の対アンノウン装備・G4システムの設計を盗み出し、更にG4システムと超能力者をリンクさせた究極の回避能力を得ようとする為、次々と超能力者を“保護”していたのだ。
そして暴走した深海の魔の手は風谷真魚へも及んだ。折りしもレイと街で知り合った葦原涼－ 仮面ライダーギルス －から深海の居場所を知った津上翔一－ 仮面ライダーアギト －と氷川誠－ 仮面ライダーG3-X －は自衛隊のG4システム研究施設へ潜入する。
果たして、3人の仮面ライダー達は究極のライダー・G4に立ち向かえるのだろうか?
仮面ライダーアギト
