2002年の冬、自らの願いを叶えるために戦っていた13人の「仮面ライダー」は残り6人となっていた。ある日、ライダー同士の戦いを仕掛けた男・神崎士郎は生き残ったライダーたちに「自らの願いを叶えるタイムリミットは残り3日」であると告げる。戦いを止めようとする城戸真司=仮面ライダー龍騎の声も虚しく、リミット前に勝者になるべく戦いを繰り広げるライダーたち。そんな中、龍騎と同じ姿をした「漆黒の仮面ライダー」・リュウガが最後の参戦者として暗躍し始める。
リュウガは何者か、何故タイムリミットがあと3日なのか、そして真司がかつて出逢った少女とは。様々な謎が錯綜する中、仮面ライダーたちの最後の戦いが始まる。
