一人の男が処刑された。
その男がルパン三世であることは、鑑識の結果確実だったが、当然銭形が信じるはずがない。銭形はルパンが埋葬されているドラキュラ城へと赴き、そこでルパンの生存を確認する。銭形はルパンを捕まえようとするが逃げられてしまう。
ルパンはエジプトでピラミッドから「石」を盗み出した。それは不二子の依頼だったが、不二子もまたマモーなる人物に依頼されていた。その石は人間に永遠の生命を与えるとの言い伝えがある「賢者の石」と呼ばれるものだった。マモーはルパンを使って不老不死に関する品物を集めていたのだ。しかし、ルパンは偽物を渡したため、マモーに狙われることとなる。
不二子はマモーの手を逃れてルパンの前に現れるが、次元と五右ェ門は不二子の密告によって痛い目に遭っていたため不二子を許さない。不二子をかばうルパンに愛想をつかした二人は、ルパンのもとを去ってしまう。ルパンと不二子は2人だけの一夜を過ごすが、不二子は麻酔薬でルパンを眠らせ、マモーの部下に引き渡した。不二子はやはりルパンを騙していたのだ。
捕らえられたルパンは、マモーの島でナポレオンやヒトラーなどの歴史に大きな影響を与えた人物らしき人々に出会う。彼らはマモーのクローン技術によって複製された人々だった。マモー自身も1万年前から自己を複製し続けてきた複製人間（クローン）、永遠の命を得た「神」だというが、ルパンは信じない。そして助けに来た次元はマモーを射殺して、逃げ出すことに成功する。
コロンビアの田舎町にあるホテルへやってきたルパン一行だったが、そこへ死んだはずのマモーが現れ不二子を連れ去る。ルパンはマモーの力に心が折れてしまった次元の制止を振り切り、単身マモーの本拠地に乗り込み、ついに「自称神」マモーとの決闘を迎える。
ルパン三世
