７年前。東京・渋谷に隕石が落下した。今も落下地点は瓦礫の山となったまま、放置されている。それは、両親を奪われたひより（里中唯）の心に開いたちっぽけな穴を象徴するかのようだ。
港湾エリアにワームが出現した。通報を受けた岬（永田杏奈）は田所（山口祥行）とともにＺＥＣＴ指令車で現場に急行。現場ではすでにゼクトルーパーがワームのサナギ体に銃撃を浴びせているが、ワームはダメージを受けながらも反撃してくる。 と、そこへ加賀美（佐藤祐基）がバイクで到着。ＺＥＣＴカメラで戦いの様子を撮影し、田所らは車内のモニターでその映像をチェック。冷静に指示を与える。 しかし、３体のワームは次々と脱皮してアラクネアワームへ。クロックアップし、目にもとまらぬスピードで次々とゼクトルーパーたちを打ち倒していく。田所の指示もむなしく、なすすべもなくやられるゼクトルーパーたち。結局、ＺＥＣＴは撤退を余儀なくされる。このままワームにやられるしかないのか。田所の背中も悔しさに満ち溢れ…。
仮面ライダーカブト
