カタロンの幹部・クラウスは、シーリンに、建造中のコロニーに捕らえられている同志の救出作戦を急がせる。技師としてそのコロニーにいた沙慈は、アロウズにカタロンとして捕らえられてしまっていた。
コロニーに突入するカタロンの救出部隊。アロウズのグッドマン准将、ジェジャン大佐の指揮の下、ジニン大尉、アラッガ中尉、そしてアロウズのパイロットとなったルイスのＭＳ小隊は、その部隊を壊滅させ、さらに無人殺戮兵器のオートマトンがコロニーへと投下した。
４年間、独りで世界の動向を探っていた刹那は、進入に成功したコロニー内部で、偶然にも沙慈との再会を果たす。補修したエクシアでオートマトンを排除し、ジニンの部隊へ向かう刹那。苦戦を強いられるも、ティエリアの乗ったセラヴィーガンダムがその窮地を救った。
戦闘後、ＣＢに憎しみを抱えていた沙慈から銃口を向けられる刹那。しかし沙慈は引き金を引けず、プトレマイオス２へと連行される。
ＣＢと合流し、地球へと降りた刹那は、先の戦いで戦死したロックオンの双子の弟、ライル・ディランディとの邂逅を果たす。
機動戦士ガンダム00セカンドシーズン
