CBへの参加をライルに促す刹那。一方、アロウズのホーマー・カタギリ司令は、ガンダムの再来に、カティ、ピーリス、アンドレイなどをアロウズへと召集する。さらにそこには仮面の男、ミスター・ブシドーこと、グラハムの姿もあった。そして沙慈は、ルイスを襲ったガンダムは、刹那たちとは別部隊であったことを知る。
2年間、ビリー・カタギリの家にいたスメラギの元に訪ずれた刹那は、スメラギの素性を明かし、その場からスメラギを連れ去る。二人は宇宙でライルと合流するが、カタロン構成員でもあるライルは、クラウスたちにCBに潜入することを告げていた。
プトレマイオスへと向かう刹那たち。しかし、グッドマンの率いる部隊がプトレマイオスへと迫っていた。ダブルオーを起動させた刹那は、アロウズのMS小隊を一掃する。その様子を見ていたリボンズは、ダブルオーの性能に歯噛みするのだった。
外交中、嫌疑をかけられ、アロウズの保安局員に捕まってしまったマリナ。収監施設には4年前、連邦軍に逮捕されたアレルヤも拘束されていた。
機動戦士ガンダム00セカンドシーズン